La protection ABC réunit toutes les mesures visant à lutter contre les menaces et les dangers de nature atomique (A), biologique (B) et chimique (C) ainsi qu'à les éviter. Cela comprend la prévention et la préparation de mesures de protection et, en cas d'événement dommageable, la reconnaissance, la protection contre la contamination et les infections, la décontamination et le traitement médical. Le but est d'éviter les événements ABC ou, si cela s'avère impossible, de réduire au maximum leurs effets sur les personnes, les animaux et l'environnement.

La législation fédérale confère depuis longtemps des tâches fondamentales à la Centrale nationale d'alarme, parmi lesquelles la protection ABC. Ainsi, la CENAL est mise à contribution lors de tous les événements impliquant une augmentation de la radioactivité et lors d'accidents chimiques majeurs mais aussi en cas de danger dû à des organismes.

La CENAL apporte une contribution notable aux activités de la Commission fédérale pour la protection ABC (ComABC) en participant à divers groupes de travail.

Biologie

On entend par événements dommageables de nature biologique (événements B) notamment les pandémies, les épizooties et tout événement impliquant des organismes vivants (virus inclus) et mettant en danger ou affectant la population, les animaux et l'environnement. Ces événements peuvent aussi avoir des effets indirects, par exemple si le personnel des organisations d'intervention ou des infrastructures critiques est touché.

Au niveau de la Confédération, les mesures à prendre en cas d'événement B sont coordonnées par l'Etat-major fédéral Protection de la population. Elles relèvent suivant les cas de l'Office fédéral de la santé publique (s'il y a présence d'agents pathogènes pour l'être humain), de l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (agents pathogènes pour les animaux), de l'Office fédéral de l'agriculture (agents pathogènes pour les végétaux) ou de l'Office fédéral de l'environnement (autres organismes).

Elément central de l'EMFP, la CENAL collabore aux planifications préventives dans le domaine B. En 2014, la cellule spéciale de pandémie a été dissoute et ses tâches ont été reprises par l'EMFP.

La maintenance de la banque de données Hazmat Suisse, qui contient notamment des informations concernant les microorganismes, notamment les germes pathogènes, fait également partie des activités quotidiennes de la CENAL dans le domaine de la biologie.

Chimie

Sur le plan légal, les compétences de la CENAL en cas d'accident chimique diffèrent sensiblement de celles qu'elle assume dans le domaine de la radioactivité, qui relève en grande partie de la Confédération. Lors d'un accident chimique, les services d'intervention communaux et cantonaux comme la police, les sapeurs-pompiers, les services sanitaires et les organes de lutte contre les catastrophes ont des obligations, des pouvoirs et des moyens élargis. Ils sont toutefois tenus par la loi d'informer les autorités fédérales si l'événement a des conséquences graves pour la population et l'environnement.

La CENAL n'interviendra donc directement que lors d'événements de grande ampleur ayant des effets à l'échelon suprarégional et dans le cadre de la protection ABC coordonnée. En cas d'attentat terroriste impliquant des substances chimiques, la CENAL mobilise l'équipe d'intervention du DDPS (Eq intv DDPS) en appui aux services d'intervention locaux. Celui-ci se compose d'experts du Laboratoire de Spiez et du Centre de compétences de l'armée pour la protection ABC, spécialement formés pour lutter contre le terrorisme chimique.

Au printemps 2000, la Suisse a ratifié la Convention UN/ECE relative aux conséquences transfrontalières d'accidents dans l'industrie chimique (accords d'Helsinki). Ce faisant, elle s'engage à diffuser et à recevoir les communications concernant les accidents d'ampleur supranationale. La CENAL a été désignée "point de contact national".

La maintenance de la banque de données Hazmat Suisse, qui contient notamment des informations concernant les substances chimiques, fait aussi partie des activités quotidiennes de la CENAL dans le domaine de la chimie.