Per svolgere i suoi compiti, la Centrale nazionale d'allarme collabora con diversi uffici federali, le autorità cantonali, l'esercito e i partner della protezione della popolazione.

I partner più importanti a livello cantonale sono gli stati maggiori di condotta cantonali, le centrali d'intervento delle polizie cantonali e i laboratori cantonali.

I partner più importanti a livello federale sono gli organi specializzati in campo NBC e nel campo dei pericoli naturali:

Settore Radioattività
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Ispettorato federale della sicurezza nucleare (IFSN)
- Istituto Paul Scherrer (PSI)
- Institut de radiophysique (IRA) di Losanna
- Laboratorio Spiez

Settore Biologia
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria

Settore Chimica
- Ufficio federale dell'ambiente
- Ufficio federale della sanità pubblica
- Laboratorio Spiez
- Tox Info Suisse

Settore Eventi naturali
- Ufficio federale dell'ambiente
- MeteoSvizzera
- Servizio Sismico Svizzero (SED)
- WSL, Istituto per lo studio della neve e delle valanghe SLF

La CENAL collabora inoltre con numerosi altri enti, ad esempio con l'Ufficio federale dell'energia, la Cancelleria federale, il Servizio delle attività informative della Confederazione e con il Comando Operazioni. Sempre maggiore importanza assume la rete di partner nel settore privato, quali ad esempio i gestori di rete nel campo dell'energia, delle telecomunicazioni e dei trasporti, le emittenti radiofoniche e televisive soggette all'obbligo di diffusione o i gestori delle infrastrutture critiche (per es. impianti nucleari).

La CENAL è in stretto contatto con questi partner grazie a processi continui, accordi periodici tra partner ed esercitazioni congiunte. Con alcuni di essi intrattiene dei collegamenti sicuri. Lo scambio di informazioni avviene di regola per mezzo di sistemi ridondanti.

I principali partner della CENAL sono i seguenti:

• Paesi limitrofi (Germania, Francia, Austria e Italia)
• Agenzia Internazionale per l'Energia Atomica (AIEA) di Vienna
• Unione europea (UE)
• Nuclear Energy Agency (NEA)
• European Space Agency (ESA)
• Partenariato per la pace (PpP)

In base agli accordi bilaterali, la CENAL è collegata alle centrali d'allarme dei Paesi limitrofi e dell'Agenzia Internazionale per l'Energia Atomica (AIEA) di Vienna nell'ambito di un sistema internazionale di allarme e informazione.

La CENAL è il punto di contatto nazionale (Contact Point and Competent Authority) per la Convenzione sulla notifica di un incidente nucleare (messaggi EMERCOM). Essa assume inoltre il ruolo di punto di contatto nazionale anche per il sistema d'allarme ECURIE (European Community Urgent Radiological Information Exchange), creato dall'Unione europea. È infine il punto di contatto in caso d'incidenti chimici transfrontalieri, conformemente alla relativa convenzione ONU/CEE.

L'Agenzia per l’energia nucleare, una sott'organizzazione dell'OECD, si occupa di questioni inerenti alla radioprotezione a livello governativo. Essa elabora una serie di pubblicazioni e organizza esercitazioni internazionali, cui partecipa anche la CENAL.

La CENAL mantiene costantemente i contatti con i centri d'intervento e d'analisi della situazione di altri Paesi. Vista la velocità crescente dell'informazione, questi contatti assumono sempre più importanza.

Le grosse organizzazioni internazionali nel campo della radioprotezione controllano lo scambio d' informazioni scientifiche. Una delle più importanti è l'International Radiation Protection Association (IRPA), che conta circa 16'000 specialisti provenienti da 42 Paesi e 37 associazioni nazionali e regionali. La Svizzera e la Germania sono rappresentate in seno all'IRPA dall'Associazione professionale degli specialisti in radioprotezione (FS).