ABC-Schutz umfasst alle Massnahmen zur Abwehr und Vermeidung atomarer (A), biologischer (B) und chemischer (C) Bedrohungen und Gefahren. Dazu zählen die Prävention und die Vorbereitung von Schutzmassnahmen sowie im Ernstfall die Erkundung, der Kontaminations- und Infektionsschutz, die Dekontamination und die medizinische Behandlung. Ziel ist es, ABC-Ereignisse zu verhindern bzw. deren Auswirkungen auf Mensch, Tier und Umwelt so gering wie möglich zu halten.

Durch ihre Kernaufgaben gemäss Verordnung ist die NAZ von jeher im ABC-Schutz tätig. So ist sie bei allen Ereignissen mit erhöhter Radioaktivität und bei grossen Chemieunfällen involviert, aber auch bei Gefährdung durch Organismen.

Die NAZ leistet in verschiedenen Arbeitsgruppen einen namhaften Beitrag zur Arbeit der Eidgenössischen Kommission für ABC-Schutz KomABC.

Biologie

Biologische Schadenereignisse (B-Ereignisse) werden durch Organismen (inkl. Viren) ausgelöst. Zu B-Ereignissen zählen Pandemien, Tierseuchen und jegliche Ereignisse mit Organismen, welche die Bevölkerung, Tiere und Umwelt gefährden oder beeinträchtigen. Sie können sich auch indirekt auf den Bevölkerungsschutz auswirken durch den Ausfall von Personal, etwa bei Einsatzorganisationen und kritischen Infrastrukturen.

Biologische Schadenereignisse werden gemeinsam von Bund und Kantonen bewältigt. Der Bund hat insbesondere eine wichtige Rolle bei Pandemien und Tierseuchen. Die wichtigsten Aufgaben liegen dabei bei den Fachämtern, grosse Ereignisse erfordern aber eine koordinierte Bewältigungsstrategie.

Die Massnahmen des Bundes zur Bewältigung von biologischen Schadenereignissen werden vom Bundesstab Bevölkerungsschutz koordiniert. Je nach Ereignis sind die zuständigen Fachämter das Bundesamt für Gesundheit (Ereignisse mit Erregern, welche Menschen befallen, sog. humanpathogene Organismen), das Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen BLV (Ereignisse mit tierpathogenen Organismen) das Bundesamt für Landwirtschaft (Ereignisse mit pflanzenpathogenen Organismen) oder das Bundesamt für Umwelt (Ereignisse mit allen übrigen Organismen).

In der Vorbereitung arbeitet die NAZ als Kernelement des BSTB an Vorsorgeplanungen im B-Bereich. 2014 wurde der ehemalige Sonderstab Pandemie (SOPA) aufgelöst und seine Aufgaben in den BSTB integriert.

Zu den alltäglichen Tätigkeiten der NAZ im Bereich Biologie gehört der Unterhalt der Stoffdatenbank Hazmat Suisse, die auch Informationen zu Mikroorganismen - insbesondere pathogenen Keimen - enthält.

Chemie

Die Zuständigkeit der NAZ im Falle von Chemieereignissen unterscheidet sich aufgrund der rechtlichen Grundlagen stark vom Gebiet der Radioaktivität, wo dem Bund weitgehende Kompetenzen zugewiesen sind. Im Falle der Chemie haben die Einsatzkräfte der Gemeinden und Kantone, wie Polizei, Feuer- und Chemiewehr, Sanität und Katastrophenschutzorgane umfassende Pflichten, Befugnisse und Mittel. Für Störfälle mit erheblichen Auswirkungen auf Mensch und Umwelt besteht allerdings eine gesetzliche Meldepflicht an die Bundesbehörden.

Die NAZ wird daher nur bei Grossereignissen mit überregionalen Auswirkungen und im Rahmen des Koordinierten ABC-Schutzes direkt als Einsatzorgan aktiv. Im Falle eines terroristischen Anschlages mit chemischen Stoffen bietet die NAZ zur Unterstützung der lokalen Einsatzkräfte die Einsatzequipe VBS (EEVBS) auf. Es handelt sich dabei um speziell für C-Terror-Ereignisse ausgebildete Experten des Labor Spiez und des Kompetenzzentrums für ABC-Schutz der Armee in Spiez.

Im Frühjahr 2000 hat die Schweiz das UN/ECE-Übereinkommen über grenzüberschreitende Auswirkungen von Industrieunfällen (Helsinki-Übereinkommen) ratifiziert. In diesem Abkommen verpflichtet sich die Schweiz zur internationalen Verbreitung und Entgegennahme von Meldungen über schwere grenzüberschreitende Industrieunfälle. Die NAZ wurde als "National Contact Point" bestimmt.

Zu den alltäglichen Tätigkeiten der NAZ im Bereich Chemie gehört hingegen der Unterhalt der Stoffdatenbank Hazmat Suisse, die auch Informationen zu chemischen Stoffen enthält.